In tegenstelling tot de Menkemaborg en de Fraeylemaborg is Nienoord niet gebouwd op de restanten van een steenhuis. Jonker Wigbold van Ewsum stichtte de borg in 1525 om van daaruit de veengronden in de omgeving te ontginnen. Het werd ‘De Nijenoort’ genoemd, naar de borg ‘Den Oord (of Oldenoord)’ in Middelstum.
Tijdens de Tachtigjarige Oorlog heeft de borg het flink te verduren gehad. De 'bewoners', driehonderd Spaanse soldaten die in de borg bivakkeerden, lagen regelmatig onder belegering. Daardoor raakten borg en omringende landerijen zwaar beschadigd. Nienoord werd in 1604 geveild en kwam in handen van Johan Beverninck uit Utrecht. Hij zorgde ervoor dat de borg werd gerestaureerd, met Caspar van Ewsum als beheerder. Beverninck werd echter de dupe van bedrog en de borg kwam weer in handen van de familie Van Ewsum.
Deze grote en machtige Oost-Friese familie, die door huwelijken eigenaar werden van Nienoord, zetten het ontginnen van de veengronden gestaag voort. Dat leidde tot conflicten met de eigenaren van de Coendersborg. De borg kreeg het ook tijdens het rampjaar 1672 zwaar te verduren. De familie besloot daarop het gebouw in barokke stijl te herstellen. Ook de tuin werd in die stijl aangelegd met een oranjerie en schelpengrot.
In de kerk van Midwolde bevindt zich een prachtig praalgraf voor Carel Hieronymus von Inn- und Kniphausen en zijn vrouw Anna van Ewsum. Het graf, ontworpen door Rombout Verhulst, neemt de hele breedte van de kerk in beslag. Op de muur hangen veel familiewapens.
Ferdinand Folef II Von Inn- und Kniphausen, die beter bekend stond als Jonker Folef, was de laatste van deze familie die op Nienoord zou wonen. Er doen veel verhalen over hem de ronde. Zo stond hij bekend als feestbeest dat van vrolijkheid en praal hield. Hij zou eenzaam zijn geweest en geen vrouw kunnen vinden. Gefrustreerd en dronken vernielde hij op een avond in 1846 alle familieportretten, behalve die van Anna van Ewsum. De vernielde portretten sloeg hij op in de oranjerie, waar later brand uitbrak. Na zijn vertrek van Nienoord bleef de borg triest en verlaten achter.
De volgende eigenaar van Nienoord, de familie Van Panhuys, liet de borg verbouwen in de stijl van hun stadshuis aan het Hereplein in Groningen. Lang heeft de familie Van Panhuys niet van Nienoord kunnen genieten. In 1907 raakte hun koets te water in het Hoendiep in Groningen en kwamen de inzittenden om het leven.
Na de tragische dood van enkele leden van de familie Van Panhuys werd Nienoord niet meer permanent bewoond. Het huis en de tuin werden niet meer onderhouden en veel van de bomen werden gekapt. Ruim veertig jaar later kocht de gemeente Leek de borg. Nienoord werd hersteld en de tuin weer enigszins gefatsoeneerd. De gemeente had wel een bestemming voor de borg: in 1958 opende het Nationaal Rijtuigmuseum zijn deuren.
Toen de gemeente Leek de borg kocht waren de tuinen vervallen. Van een stijltuin is niet langer sprake, maar kenmerken van zowel een Engelse Landschapstuin als een Barokke Stijltuin zijn wel aanwezig.
Borg Nienoord ligt in het centrum van een groot landgoed. Een deel daarvan is in gebruik als landbouwgrond en een deel is bestemd voor recreatie. Zo is er een hertenkamp, een zwembad en het familiepark 'Landgoed Nienoord'. Het familiepark is bekend vanwege de stoomtreintjes die er rijden. Rond de borg ligt een overzichtelijke tuin.
Een van de meest opvallende onderdelen van de tuin is de schelpengrot. Deze tuinkoepel, waarvan de muren omstreeks 1700 door Italiaanse stukadoors met schelpen en stukjes marmer zijn gedecoreerd, toont mozaïken van zeemeerminnen en engelen. Er hangen ook twee houten morenkoppen met beweegbare ogen en mond.
Onder de Von In- und Kniphausens had Nienoord een Barokke stijltuin, vergelijkbaar met bijvoorbeeld Ewsum of Verhildersum, die wordt gekenmerkt door strakke lijnen en een zichtas. In de loop van de 19e eeuw kreeg de borg een Engelse landschapstuin, vermoedelijk naar ontwerp van Roodbaard. Van de oude stijltuin zijn nog twee lindebomen over die bij de ingang staan. Ze zijn gesnoeid op een specifieke manier, waardoor zij schaduw bieden voor de gevel van de borg.
De poort stamt uit de 17e eeuw en werd gebouwd in opdracht van Georg Wilhelm Von In- und Kniphausen. De poort werd ontworpen door Hindrik Bielefeld uit Bremen en vermoedelijk in samenwerking met beeldhouwer Jan de Rijk gecreëerd. Bovenop de poort staat het familiewapen, vastgehouden door twee leeuwen.
Zie de website